|
熊 毅研究员,博士生导师
上海交通大学
电子邮箱: xiongyi@sjtu.edu.cn
|
研究方向
基于人工智能的生物大分子设计与优化方法
基于人工智能的多组学数据整合与分析方法
学习和工作经历
2024.06-至今 上海交通大学,生命科学技术学院,研究员
2023.09-至今 上海交通大学,张江高等研究院,课题组长
2018.12-2024.06 上海交通大学,生命科学技术学院,副研究员
2014.01-2018.12 上海交通大学,生命科学技术学院,助理研究员
2012.01-2013.12 普渡大学,生物学系,博士后
2006.09-2011.12 武汉大学,计算机应用技术,博士
2002.09-2006.06 武汉大学,软件工程, 学士
荣誉奖励
2022 国家级青年人才计划入选者
学术兼职
上海创智学院兼职导师
上海市计算机学会生物信息学专委会秘书长
科研项目
承担主要项目/课题
2023.11-2026.10 基于人工智能的新型免疫制剂发现和优化,2023YFC2506402,国家重点研发计划重点专项,课题负责人
2022.01-2025.12 人工智能驱动的药物相互作用预测方法及发生机制研究,62172274,国家自然科学基金面上项目,项目负责人
学术论文
主要学术论文(*通讯作者, †共同一作)
Bowen Zhao, Kailu Song, Dong-Qing Wei, Yi Xiong*, Jun Ding*. scCobra allows contrastive cell embedding learning with domain adaptation for single cell data integration and harmonization. Communications Biology. 2025;8:233. [PDF]
Zhenghong Zhou†, Junwei Chen†, Shenggeng Lin, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Yi Xiong*. GRATCR: epitope-specific T cell receptor sequence generation with data-efficient pre-trained models. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. 2025;29(3): 2271-2283. [PDF]
Junwei Chen, Bowen Zhao, Shenggeng Lin, Heqi Sun, Xueying Mao, Meng Wang, Yanyi Chu, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Min Li*, Yi Xiong*. TEPCAM: prediction of T cell receptor-epitope binding specificity via interpretable deep learning. Protein Science. 2024;33(1):e4841. [PDF]
Heqi Sun, Jianmin Wang*, Hongyan Wu, Shenggeng Lin, Junwei Chen, Jinghua Wei, Shuai Lv, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A multimodal deep learning framework for predicting PPI-modulator interactions. Journal of Chemical Information and Modeling. 2023;63:7363−7372. [PDF]
Jing Zhao, Bowen Zhao, Xiaotong Song, Chujun Lyu , Weizhi Chen, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. Subtype-DCC: decoupled contrastive clustering method for cancer subtype identification based on multi-omics data. Briefings in Bioinformatics. 2023;24(2):bbad025. [PDF]
Yanyi Chu†, Yan Zhang†, Qiankun Wang, Lingfeng Zhang, Xuhong Wang, Yanjing Wang, Dennis Russell Salahub, Qin Xu, Jianmin Wang, Xue Jiang, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A transformer-based model to predict peptide-HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design. Nature Machine Intelligence. 2022;4:300–311. [PDF]
Shenggeng Lin, Weizhi Chen, Gengwang Chen, Songchi Zhou, Dong-Qing Wei*, Yi Xiong*. MDDI-SCL: predicting multi-type drug-drug interactions via supervised contrastive learning. Journal of Cheminformatics. 2022;14:81. [PDF]
Yanyi Chu, Aman Chandra Kaushik, Xiangeng Wang, Wei Wang, Yufang Zhang, Xiaoqi Shan, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. DTI-CDF: a cascade deep forest model towards the prediction of drug-target interactions based on hybrid features. Briefings in Bioinformatics. 2021;22(1):451–462. [PDF]
学生培养
在读
林圣庚,2024级博士,上海交通大学2021级硕士(生物信息学)、吉林大学2017级本科(计算机)毕业
褚晏伊, 2017级直博(致远荣誉计划),毕业去向:斯坦福大学博士后,共同指导