熊  毅

研究员,博士生导师

上海交通大学
生命科学技术学院,生物信息学与生物统计学系
张江高等研究院,人工智能生物医药中心

电子邮箱: xiongyi@sjtu.edu.cn

研究领域: 生物信息与计算、人工智能

招生信息:目前还有1个2025级的博士生招生名额(2025年9月入学),欢迎优秀的硕士生申请(要求具有人工智能或AI for science的研究背景及经历,并以第一作者发表相关研究型论文)。
也欢迎优秀的博士生申请博士后工作岗位,同时招聘研究助理与访问学生,欢迎邮件联系。


研究方向

  1. 基于人工智能的生物大分子设计与优化方法

  2. 基于人工智能的多组学数据整合与分析方法


学习和工作经历

2024.06-至今 上海交通大学,生命科学技术学院,研究员

2023.09-至今 上海交通大学,张江高等研究院,课题组长

2018.12-2024.06 上海交通大学,生命科学技术学院,副研究员

2014.01-2018.12 上海交通大学,生命科学技术学院,助理研究员

2012.01-2013.12 普渡大学,生物学系,博士后

2006.09-2011.12 武汉大学,计算机应用技术,博士

2002.09-2006.06 武汉大学,软件工程, 学士


荣誉奖励

2022 国家级青年人才计划入选者


学术兼职

上海创智学院兼职导师

上海市计算机学会生物信息学专委会秘书长


科研项目

承担主要项目/课题

2023.11-2026.10 基于人工智能的新型免疫制剂发现和优化,2023YFC2506402,国家重点研发计划重点专项,课题负责人

2022.01-2025.12 人工智能驱动的药物相互作用预测方法及发生机制研究,62172274,国家自然科学基金面上项目,项目负责人


学术论文

主要学术论文(*通讯作者, 共同一作)

  1. Bowen Zhao, Kailu Song, Dong-Qing Wei, Yi Xiong*, Jun Ding*. scCobra allows contrastive cell embedding learning with domain adaptation for single cell data integration and harmonization. Communications Biology2025;8:233. [PDF]

  2. Zhenghong Zhou, Junwei Chen, Shenggeng Lin, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Yi Xiong*. GRATCR: epitope-specific T cell receptor sequence generation with data-efficient pre-trained models. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics2025;29(3): 2271-2283. [PDF]

  3. Junwei Chen, Bowen Zhao, Shenggeng Lin, Heqi Sun, Xueying Mao, Meng Wang, Yanyi Chu, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Min Li*, Yi Xiong*. TEPCAM: prediction of T cell receptor-epitope binding specificity via interpretable deep learning. Protein Science2024;33(1):e4841. [PDF]

  4. Heqi Sun, Jianmin Wang*, Hongyan Wu, Shenggeng Lin, Junwei Chen, Jinghua Wei, Shuai Lv, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A multimodal deep learning framework for predicting PPI-modulator interactions. Journal of Chemical Information and Modeling2023;63:7363−7372. [PDF]

  5. Jing Zhao, Bowen Zhao, Xiaotong Song, Chujun Lyu , Weizhi Chen, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. Subtype-DCC: decoupled contrastive clustering method for cancer subtype identification based on multi-omics data. Briefings in Bioinformatics2023;24(2):bbad025. [PDF]

  6. Yanyi Chu, Yan Zhang, Qiankun Wang, Lingfeng Zhang, Xuhong Wang, Yanjing Wang, Dennis Russell Salahub, Qin Xu, Jianmin Wang, Xue Jiang, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A transformer-based model to predict peptide-HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design. Nature Machine Intelligence2022;4:300–311. [PDF]

  7. Shenggeng Lin, Weizhi Chen, Gengwang Chen, Songchi Zhou, Dong-Qing Wei*, Yi Xiong*. MDDI-SCL: predicting multi-type drug-drug interactions via supervised contrastive learning. Journal of Cheminformatics2022;14:81. [PDF]

  8. Yanyi Chu, Aman Chandra Kaushik, Xiangeng Wang, Wei Wang, Yufang Zhang, Xiaoqi Shan, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. DTI-CDF: a cascade deep forest model towards the prediction of drug-target interactions based on hybrid features. Briefings in Bioinformatics2021;22(1):451–462. [PDF]


学生培养

    在读

林圣庚,2024级博士,上海交通大学2021级硕士(生物信息学)、吉林大学2017级本科(计算机)
王锐轩,2024级博士,上海中医药大学2021级硕士(中药学)、2017级本科(中药学)
孙鹤淇,2022级博士,墨尔本大学硕士(生物信息学)、本科(数学与统计),共同指导
张育芳,2021级博士,上海交通大学2017级硕士(生物信息学)、天津大学2013级本科(生物工程),共同指导
王可垚,2024级硕士,中国海洋大学2020级本科(生物技术)
谭   洪,2023级硕士,华中农业大学2019级本科(生物信息学)
陈俊炜,2022级硕士,华中科技大学2018级本科(生物技术)
周征鸿,2022级本科,上海交通大学,生物信息学

    毕业

褚晏伊, 2017级直博(致远荣誉计划),毕业去向:斯坦福大学博士后,共同指导
林圣庚, 2021级硕士,毕业去向:上海交通大学读博,共同指导
赵    倞,2020级硕士,毕业去向:字节跳动(上海),共同指导
赵博文, 2020级硕士,毕业去向:麦吉尔大学读博
蒋明明, 2019级硕士,毕业去向:字节跳动(上海)
陈禹蒙, 2020级本科,毕业去向:清华大学直博


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