熊  毅

研究方向

1. 基于人工智能的生物大分子设计与优化方法

2. 基于人工智能的多组学数据整合与分析方法

学习和工作经历

2024.06-至今 上海交通大学，生命科学技术学院，研究员

2023.09-至今 上海交通大学，张江高等研究院，课题组长

2018.12-2024.06 上海交通大学，生命科学技术学院，副研究员

2014.01-2018.12 上海交通大学，生命科学技术学院，助理研究员

2012.01-2013.12 普渡大学，生物学系，博士后

2006.09-2011.12 武汉大学，计算机应用技术，博士

2002.09-2006.06 武汉大学，软件工程， 学士

荣誉奖励

2022 国家级青年人才计划入选者

学术兼职

上海创智学院兼职导师

上海市计算机学会生物信息学专委会秘书长

科研项目

承担主要项目/课题

2023.11-2026.10 基于人工智能的新型免疫制剂发现和优化，2023YFC2506402，国家重点研发计划重点专项，课题负责人

2022.01-2025.12 人工智能驱动的药物相互作用预测方法及发生机制研究，62172274，国家自然科学基金面上项目，项目负责人

学术论文

主要学术论文（^*通讯作者, ^†共同一作）

1. Bowen Zhao, Kailu Song, Dong-Qing Wei, Yi Xiong^*, Jun Ding^*. scCobra allows contrastive cell embedding learning with domain adaptation for single cell data integration and harmonization. Communications Biology.  2025;8:233. [PDF]

2. Zhenghong Zhou^†, Junwei Chen^†, Shenggeng Lin, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Yi Xiong^*. GRATCR: epitope-specific T cell receptor sequence generation with data-efficient pre-trained models. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics.  2025;29(3): 2271-2283. [PDF]

3. Junwei Chen, Bowen Zhao, Shenggeng Lin, Heqi Sun, Xueying Mao, Meng Wang, Yanyi Chu, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Min Li^*, Yi Xiong^*. TEPCAM: prediction of T cell receptor-epitope binding specificity via interpretable deep learning. Protein Science.  2024;33(1):e4841. [PDF]

4. Heqi Sun, Jianmin Wang^*, Hongyan Wu, Shenggeng Lin, Junwei Chen, Jinghua Wei, Shuai Lv, Yi Xiong^*, Dong-Qing Wei^*. A multimodal deep learning framework for predicting PPI-modulator interactions. Journal of Chemical Information and Modeling.  2023;63:7363−7372. [PDF]

5. Jing Zhao, Bowen Zhao, Xiaotong Song, Chujun Lyu , Weizhi Chen, Yi Xiong^*, Dong-Qing Wei^*. Subtype-DCC: decoupled contrastive clustering method for cancer subtype identification based on multi-omics data. Briefings in Bioinformatics.  2023;24(2):bbad025. [PDF]

6. Yanyi Chu^†, Yan Zhang^†, Qiankun Wang, Lingfeng Zhang, Xuhong Wang, Yanjing Wang, Dennis Russell Salahub, Qin Xu, Jianmin Wang, Xue Jiang, Yi Xiong^*, Dong-Qing Wei^*. A transformer-based model to predict peptide-HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design. Nature Machine Intelligence.  2022;4:300–311. [PDF]

7. Shenggeng Lin, Weizhi Chen, Gengwang Chen, Songchi Zhou, Dong-Qing Wei^*, Yi Xiong^*. MDDI-SCL: predicting multi-type drug-drug interactions via supervised contrastive learning. Journal of Cheminformatics.  2022;14:81. [PDF]

8. Yanyi Chu, Aman Chandra Kaushik, Xiangeng Wang, Wei Wang, Yufang Zhang, Xiaoqi Shan, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong^*, Dong-Qing Wei^*. DTI-CDF: a cascade deep forest model towards the prediction of drug-target interactions based on hybrid features. Briefings in Bioinformatics.  2021;22(1):451–462. [PDF]

学生培养

    在读

    毕业