熊 毅研究员,博士生导师
上海交通大学
电子邮箱: xiongyi@sjtu.edu.cn
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研究方向
生物大分子功能预测、序列设计与优化
人工智能驱动的药物、疫苗设计与发现
多组学数据整合与分析
学习和工作经历
2024.06-至今 上海交通大学,生命科学技术学院,研究员
2023.09-至今 上海交通大学,张江高等研究院,课题组长
2018.12-2024.06 上海交通大学,生命科学技术学院,副研究员
2014.01-2018.12 上海交通大学,生命科学技术学院,助理研究员
2012.01-2013.12 普渡大学,生物学系,博士后
2006.09-2011.12 武汉大学,计算机应用技术,博士
2002.09-2006.06 武汉大学,软件工程, 学士
荣誉奖励
2022 国家级青年人才计划入选者
学术兼职
上海市计算机学会生物信息学专委会秘书长
Molecular Therapy Nucleic Acids,编委
BMC Bioinformatics,编委
Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences,编委
科研项目
主持国家重点研发计划课题、国家自然科学基金项目
2023.11-2026.10 基于人工智能的新型免疫制剂发现和优化,2023YFC2506402,国家重点研发计划重点专项,课题负责人
2022.01-2025.12 人工智能驱动的药物相互作用预测方法及发生机制研究,62172274,国家自然科学基金面上项目,项目负责人
2017.01-2019.12 基于蛋白质分子表面信息的核酸结合界面的分析和预测,31601074,国家自然科学基金青年项目,项目负责人,已结题
参与国家重点研发计划专项、国家自然科学基金重点项目
2023.10-2026.09 基于噬菌体生物传感技术筛选重大肺部疾病无创性鉴别诊断标志物,2023YFE0199200,国家重点研发计划政府间国际科技创新合作专项
2019.01-2023.12 高通量蛋白质组学计算的基础理论与算法,61832019,国家自然科学基金重点项目,已结题
2016.07-2021.06 蛋白-蛋白相互作用及其网络的理论计算新方法与应用,2016YFA0501700,国家重点研发计划重点专项,已结题
学术论文 (近年来代表性论文)
Yanyi Chu†, Yan Zhang†, Qiankun Wang, Lingfeng Zhang, Xuhong Wang, Yanjing Wang, Dennis Russell Salahub, Qin Xu, Jianmin Wang, Xue Jiang, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A transformer-based model to predict peptide-HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design. Nature Machine Intelligence. 2022;4:300–311. [PDF]
Shenggeng Lin, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Yi Xiong*. Deep learning facilitates efficient optimization of antisense oligonucleotide drugs. Molecular Therapy: Nucleic Acids. 2024;35(2):102208. [PDF]
Junwei Chen, Bowen Zhao, Shenggeng Lin, Heqi Sun, Xueying Mao, Meng Wang, Yanyi Chu, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Min Li*, Yi Xiong*. TEPCAM: prediction of T cell receptor-epitope binding specificity via interpretable deep learning. Protein Science. 2024;33(1):e4841. [PDF]
Heqi Sun, Jianmin Wang*, Hongyan Wu, Shenggeng Lin, Junwei Chen, Jinghua Wei, Shuai Lv, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A multimodal deep learning framework for predicting PPI-modulator interactions. Journal of Chemical Information and Modeling. 2023;63:7363−7372. [PDF]
Jing Zhao, Bowen Zhao, Xiaotong Song, Chujun Lyu , Weizhi Chen, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. Subtype-DCC: decoupled contrastive clustering method for cancer subtype identification based on multi-omics data. Briefings in Bioinformatics. 2023;24(2):bbad025. [PDF]
Shenggeng Lin, Weizhi Chen, Gengwang Chen, Songchi Zhou, Dong-Qing Wei*, Yi Xiong*. MDDI-SCL: predicting multi-type drug-drug interactions via supervised contrastive learning. Journal of Cheminformatics. 2022;14:81. [PDF]
Yanyi Chu, Aman Chandra Kaushik, Xiangeng Wang, Wei Wang, Yufang Zhang, Xiaoqi Shan, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. DTI-CDF: a cascade deep forest model towards the prediction of drug-target interactions based on hybrid features. Briefings in Bioinformatics. 2021;22(1):451–462. (ESI高被引论文) [PDF]
学生培养
在读
林圣庚,2024级博士,上海交通大学2021级硕士(生物信息学)、吉林大学2017级本科(计算机)已毕业
褚晏伊, 2017级直博(致远荣誉计划),毕业去向:斯坦福大学博士后,共同指导