熊 毅副研究员,博士生导师
上海交通大学
电子邮箱: xiongyi@sjtu.edu.cn
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研究方向
生物大分子功能预测、序列设计与优化
人工智能驱动的药物、疫苗设计与发现
学习和工作经历
2023.09- 上海交通大学,张江高等研究院,博士生导师
2014.01- 上海交通大学,生命科学技术学院,助理研究员、副研究员、博士生导师
2012.01-2013.12 普渡大学,生物学系,博士后
2002.09-2011.12 武汉大学,计算机应用技术,学士、博士
荣誉奖励
国家级青年人才计划入选者(2022)
上海市生物信息学会青年新星奖(2023)
全国大学生生命科学竞赛二等奖指导教师(2021)
上海交通大学十佳大创优秀指导教师(2020)
学术兼职
上海人工智能实验室顾问科学家
Molecular Therapy Nucleic Acids,编委
BMC Bioinformatics,编委
Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences,编委
IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM),程序委员会委员
中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会委员
中国计算机学会生物信息学专委会委员
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会委员
科研项目
主持国家重点研发计划课题、国家自然科学基金项目
2023.11-2026.10 基于人工智能的新型免疫制剂发现和优化,国家重点研发计划重点专项,2023YFC2506402,课题负责人
2022.01-2025.12 人工智能驱动的药物相互作用预测方法及发生机制研究,62172274,国家自然科学基金面上项目,项目负责人
2017.01-2019.12 基于蛋白质分子表面信息的核酸结合界面的分析和预测,31601074,国家自然科学基金青年项目,项目负责人
参与国家重大、重点项目
2023.10-2026.09 基于噬菌体生物传感技术筛选重大肺部疾病无创性鉴别诊断标志物,2023YFE0199200,国家重点研发计划政府间国际科技创新合作专项
2019.01-2023.12 高通量蛋白质组学计算的基础理论与算法,61832019,国家自然科学基金重点项目
2016.07-2021.06 蛋白-蛋白相互作用及其网络的理论计算新方法与应用,2016YFA0501700,国家重点研发计划重点专项
学术论文 (近年来代表性论文)
Junwei Chen, Bowen Zhao, Shenggeng Lin, Heqi Sun, Xueying Mao, Meng Wang, Yanyi Chu, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Min Li*, Yi Xiong*. TEPCAM: prediction of T cell receptor-epitope binding specificity via interpretable deep learning. Protein Science. 2024;33(1):e4841. [PDF]
Heqi Sun, Jianmin Wang*, Hongyan Wu, Shenggeng Lin, Junwei Chen, Jinghua Wei, Shuai Lv, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A multimodal deep learning framework for predicting PPI-modulator interactions. Journal of Chemical Information and Modeling. 2023;63:7363−7372. [PDF]
Yanyi Chu†, Yan Zhang†, Qiankun Wang, Lingfeng Zhang, Xuhong Wang, Yanjing Wang, Dennis Russell Salahub, Qin Xu, Jianmin Wang, Xue Jiang, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A transformer-based model to predict peptide-HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design. Nature Machine Intelligence. 2022;4:300–311. (ESI高被引论文) [PDF]
Shenggeng Lin, Weizhi Chen, Gengwang Chen, Songchi Zhou, Dong-Qing Wei*, Yi Xiong*. MDDI-SCL: predicting multi-type drug-drug interactions via supervised contrastive learning. Journal of Cheminformatics. 2022;14:81. [PDF]
Shenggeng Lin†, Yanjing Wang†, Lingfeng Zhang†, Yanyi Chu, Yatong Liu, Yitian Fang, Mingming Jiang, Qiankun Wang, Bowen Zhao, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. MDF-SA-DDI: predicting drug-drug interaction events based on multi-source drug fusion, multi-source feature fusion and transformer self-attention mechanism. Briefings in Bioinformatics. 2022;23(1):bbab421. [PDF]
Yanyi Chu, Aman Chandra Kaushik, Xiangeng Wang, Wei Wang, Yufang Zhang, Xiaoqi Shan, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. DTI-CDF: a cascade deep forest model towards the prediction of drug-target interactions based on hybrid features. Briefings in Bioinformatics. 2021;22(1):451–462. (ESI高被引论文) [PDF]
Xiaoqi Shan, Xiangeng Wang, Cheng-Dong Li, Yanyi Chu, Yufang Zhang, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. Prediction of CYP450 enzyme-substrate selectivity based on the network-based label space division method. Journal of Chemical Information and Modeling. 2019;59:4577-4586. [PDF]
学生培养
在读学生
博士生
林圣庚,2024级博士,吉林大学2017级本科(计算机)、上海交通大学硕士(生物与医药)硕士生
陈俊炜,2022级硕士,华中科技大学2018级本科(生物技术)本科生
陈禹蒙,2020级本科,上海交通大学生物信息学专业毕业学生
博士生
褚晏伊, 2017级直博(致远荣誉计划),毕业去向:斯坦福大学博士后,共同指导硕士生
林圣庚, 2021级硕士,毕业去向:上海交通大学读博,共同指导本科生
余文韬, 2019级本科,毕业去向:中国移动(上海)