熊  毅

副研究员,博士生导师

上海交通大学
生命科学技术学院,生物信息学与生物统计学系
张江高等研究院,人工智能生物医药中心

电子邮箱: xiongyi@sjtu.edu.cn

研究领域: 生物信息与计算、人工智能


研究方向

  1. 生物大分子功能预测、序列设计与优化

  2. 人工智能驱动的药物、疫苗设计与发现


学习和工作经历

2023.09- 上海交通大学,张江高等研究院,博士生导师

2014.01- 上海交通大学,生命科学技术学院,助理研究员、副研究员、博士生导师

2012.01-2013.12 普渡大学,生物学系,博士后

2002.09-2011.12 武汉大学,计算机应用技术,学士、博士


荣誉奖励

国家级青年人才计划入选者


学术兼职

上海市计算机学会生物信息学专委会秘书长

上海人工智能实验室(浦江国家实验室)顾问

Molecular Therapy Nucleic Acids,编委

BMC Bioinformatics,编委

Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences,编委


科研项目

主持国家重点研发计划课题、国家自然科学基金项目

2023.11-2026.10 基于人工智能的新型免疫制剂发现和优化,2023YFC2506402,国家重点研发计划重点专项,课题负责人

2022.01-2025.12 人工智能驱动的药物相互作用预测方法及发生机制研究,62172274,国家自然科学基金面上项目,项目负责人

2017.01-2019.12 基于蛋白质分子表面信息的核酸结合界面的分析和预测,31601074,国家自然科学基金青年项目,项目负责人,已结题

参与国家重大、重点项目

2023.10-2026.09 基于噬菌体生物传感技术筛选重大肺部疾病无创性鉴别诊断标志物,2023YFE0199200,国家重点研发计划政府间国际科技创新合作专项

2019.01-2023.12 高通量蛋白质组学计算的基础理论与算法,61832019,国家自然科学基金重点项目,已结题

2016.07-2021.06  蛋白-蛋白相互作用及其网络的理论计算新方法与应用,2016YFA0501700,国家重点研发计划重点专项,已结题


学术论文 (近年来代表性论文)

  1. Shenggeng Lin, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Yi Xiong*. Deep learning facilitates efficient optimization of antisense oligonucleotide drugs. Molecular Therapy: Nucleic Acids2024;35(2):102208. [PDF]

  2. Junwei Chen, Bowen Zhao, Shenggeng Lin, Heqi Sun, Xueying Mao, Meng Wang, Yanyi Chu, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Min Li*, Yi Xiong*. TEPCAM: prediction of T cell receptor-epitope binding specificity via interpretable deep learning. Protein Science2024;33(1):e4841. [PDF]

  3. Yufang Zhang, Jiayi Li, Shenggeng Lin, Jianwei Zhao, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. An end-to-end method for predicting compound-protein interactions based on simplified homogeneous graph convolutional network and pre-trained language model. Journal of Cheminformatics2024;16:67. [PDF]

  4. Heqi Sun, Jianmin Wang*, Hongyan Wu, Shenggeng Lin, Junwei Chen, Jinghua Wei, Shuai Lv, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A multimodal deep learning framework for predicting PPI-modulator interactions. Journal of Chemical Information and Modeling2023;63:7363−7372. [PDF]

  5. Yanyi Chu, Yan Zhang, Qiankun Wang, Lingfeng Zhang, Xuhong Wang, Yanjing Wang, Dennis Russell Salahub, Qin Xu, Jianmin Wang, Xue Jiang, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A transformer-based model to predict peptide-HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design. Nature Machine Intelligence2022;4:300–311. (ESI高被引论文) [PDF]

  6. Shenggeng Lin, Weizhi Chen, Gengwang Chen, Songchi Zhou, Dong-Qing Wei*, Yi Xiong*. MDDI-SCL: predicting multi-type drug-drug interactions via supervised contrastive learning. Journal of Cheminformatics2022;14:81. [PDF]

  7. Shenggeng Lin, Yanjing Wang, Lingfeng Zhang, Yanyi Chu, Yatong Liu, Yitian Fang, Mingming Jiang, Qiankun Wang, Bowen Zhao, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. MDF-SA-DDI: predicting drug-drug interaction events based on multi-source drug fusion, multi-source feature fusion and transformer self-attention mechanism. Briefings in Bioinformatics2022;23(1):bbab421. [PDF]

  8. Yanyi Chu, Aman Chandra Kaushik, Xiangeng Wang, Wei Wang, Yufang Zhang, Xiaoqi Shan, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. DTI-CDF: a cascade deep forest model towards the prediction of drug-target interactions based on hybrid features. Briefings in Bioinformatics2021;22(1):451–462. (ESI高被引论文) [PDF]


学生培养

    在读

林圣庚,2024级博士,上海交通大学2021级硕士(生物信息学)、吉林大学2017级本科(计算机)
王锐轩,2024级博士,上海中医药大学2021级硕士(中药学)、2017级本科(中药学)
孙鹤淇,2022级博士,墨尔本大学硕士(生物信息学)、本科(数学与统计),共同指导
张育芳,2021级博士,上海交通大学2017级硕士(生物信息学)、天津大学2013级本科(生物工程),共同指导
王可垚,2024级硕士,中国海洋大学2020级本科(生物技术)
谭   洪,2023级硕士,华中农业大学2019级本科(生物信息学)
陈俊炜,2022级硕士,华中科技大学2018级本科(生物技术)
周征鸿,2022级本科,上海交通大学,生物信息学
肖   瑶,2022级本科,上海交通大学,生物信息学
陈禹蒙,2020级本科,上海交通大学,生物信息学

    已毕业

褚晏伊, 2017级直博(致远荣誉计划),毕业去向:斯坦福大学博士后,共同指导
林圣庚, 2021级硕士,毕业去向:上海交通大学读博,共同指导
赵    倞,2020级硕士,毕业去向:字节跳动(上海),共同指导
赵博文, 2020级硕士,毕业去向:麦吉尔大学读博
蒋明明, 2019级硕士,毕业去向:字节跳动(上海)


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